多年没有再出现的魔女竟然重现人间?！人间浩劫由此而起。世界大国Garbadia突然向邻国Dollet王国入侵，占据了电波发射塔，用作将“向世界宣战的仪式”发放的工具，而主持这个“仪式”的，除了Garbadia独裁统治者デリング外，还有大家都以为已经消失于人世的魔女——Edea the witch.就在宣战之前，Squall顺利地通过了考试，而成为SeeD部队的一份子。之后在迎新舞会中遇到Rinoa，令他产生了一种特别的感觉……后来，反Garbadia政府组织“森のフクロウ”向SeeD求助，Squall和同学们都被派遣参与作战。在这时Squall才知道Rinoa的特殊身份。在这个动荡的时代，唯一令到世界回复和平的方法，就是将威胁着世界安危的魔女消灭，而这个重任就附托在Squall等人的身上。
